Bergedorf wurde im Jahre 1162 erstmals urkundlich erwähnt, damals als Kirchenspiel „Bergerdorp“. Von 1202 bis 1227 gehörte Bergedorf Dänemark an. Zwischen dieser Zeit entwickelte sich der zu einem kleinen Marktfleck, da es eine günstige Verkehrslage an einer wichtigen Ost-West-Straße hatte. In dieser Zeit gaben die Dänen den entscheidenden Antrieb für die Entwicklung Bergedorfs. Sie ließen das Bergedorfer Schloss bauen und brachten die Besiedlung der Vier- und Marschlande in Gang. Im Jahre 1275 erhielt Bergedorf dann sogar das Stadtrecht.

Zwischen 1420 und 1866 war Bergedorf beiderstädischer Besitz der Hansestädte Hamburg und Lübeck. Beide Städte teilten sich anfangs die Verwaltung Bergedorfs, bis man sich darauf einigte abwechselnd die Verwaltung zu organisieren. Alle vier bzw. alle sechs Jahre wechselten sich Lübeck und Hamburg mit dieser Aufgabe ab. In diesem Zeitraum behielt Bergedorf aber immer noch seine Selbständigkeit.

1443 begann man mit Maßnahem zur wirtschaftlichen Verbesserung der Situation Bergedorfs. Der Schleusengraben wurde als gerade und direkte Verbindung zur Elbe gebaut. Somit konnten alle Handelsgüter frei von Zöllen transportiert werden, da der Wasserweg sich auf Hamburger Gebiet befand. Wichtig war dies vor allem wegen der Holztransporte. Bergedorf stieg zum damaligen Zeitpunkt mit seinem Holzhafen als Hauptumschlagspunkt für das Holz aus dem Sachsenwald auf. Durch den regen Hafenbetrieb siedelten sich Handwerksbetriebe wie Säge-, Korn-, Hammer und Gerbermühlen an. Bald darauf folgten Tischler, Zimmerleute, Böttcher und andere Handwerke, die vom Holzhandel profitierten.

1806 bis 1813 wurde Bergedorf in der Zeit der Napoleonischen Kriege von den Franzosen besetzt. Mit dem Untergang der Armee Napoleons und dem Vormarsch der russischen Truppen, rückten die Franzosen ab. Bis 1815 ließen sich die russischen Truppen in Bergedorf nieder. Die Einquatierung der 840.000 Männer setzte Bergedorf und den Vier- und Marschlanden stark zu. Es dauerte 20 Jahre bis die Abtragung der Kriegsschuld beglichen war.

Durch den industriellen Fortschritt entwickelte sich auch Bergedorf wirtschaftlich rasant. 1842 legte die Bahnlinie Hamburg-Bergedorf den Grundstein zur einer besseren Verkehrsanbindung nach Hamburg.
Am 1. Januar 1868 trat Lübeck seinen Verwaltungsanspruch an Hamburg ab. Fast 40 Jahre später erhielt Bergedorf, als Zeichen seiner Selbständigkeit und Wirtschaftlichen Bedeutung  das Bergedorfer Rathaus. 1927 zählte Bergedorf schon 19.000 Einwohner. Seit den 50er Jahren ist die Bevölkerungsentwicklung nahezu konstant.

Am 1. Januar 1938 wurde Bergedorf durch das Groß-Hamburg-Gesetz ein Teil der Stadt Hamburg.
Zu der Geschichte Bergedorfs und der Vier- und Marschlande gehört auch das dunkele Kapitel des KZ Neuengammes. Während des zweiten Weltkrieges verloren im KZ Neugamme von den bis 1945 internierten 106.000 Menschen aus Deutschland und den besetzten Ländern 55.000 Menschen in der Folge der unmenschlichen Arbeits- und Lebensbedingungen sowie der „Vernichtung durch Arbeit“ ihr Leben.